$NetBSD$

# Respect env
--- Makefile.orig	2013-03-19 07:48:09.000000000 +0000
+++ Makefile
@@ -1,6 +1,7 @@
-CC=			gcc
-CFLAGS=		-g -Wall -O2
-#LDFLAGS=		-Wl,-rpath,\$$ORIGIN/../lib
+CC?=		gcc
+CFLAGS?=	-g -Wall -O2
+RANLIB?=	/usr/bin/ranlib
+#LDFLAGS=	-Wl,-rpath,\$$ORIGIN/../lib
 DFLAGS=		-D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
 KNETFILE_O=	knetfile.o
 LOBJS=		bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o	\
@@ -14,7 +15,7 @@ AOBJS=		bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view
 PROG=		samtools
 INCLUDES=	-I.
 SUBDIRS=	. bcftools misc
-LIBPATH=
+LIBPATH=	-L${PREFIX}/lib
 LIBCURSES=	-lcurses # -lXCurses
 
 .SUFFIXES:.c .o
@@ -41,16 +42,17 @@ all:$(PROG)
 lib:libbam.a
 
 libbam.a:$(LOBJS)
-		$(AR) -csru $@ $(LOBJS)
+		$(AR) cr $@ $(LOBJS)
+		$(RANLIB) $@
 
 samtools:lib-recur $(AOBJS)
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LDFLAGS) libbam.a -Lbcftools -lbcf $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lm -lz -lpthread
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LDFLAGS) libbam.a -Lbcftools -lbcf $(LIBPATH) $(LIBCURSES) ${LDFLAGS} -lm -lz -lpthread
 
 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $^ -lz
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $^ ${LDFLAGS} -lz
 
 bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $^ -lz -lpthread
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $^ ${LDFLAGS} -lz -lpthread
 
 bgzf.o:bgzf.c bgzf.h
 		$(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) -DBGZF_CACHE $(INCLUDES) bgzf.c -o $@
@@ -81,10 +83,10 @@ faidx_main.o:faidx.h razf.h
 
 
 libbam.1.dylib-local:$(LOBJS)
-		libtool -dynamic $(LOBJS) -o libbam.1.dylib -lc -lz
+		libtool -dynamic $(LOBJS) -o libbam.1.dylib -lc ${LDFLAGS} -lz
 
 libbam.so.1-local:$(LOBJS)
-		$(CC) -shared -Wl,-soname,libbam.so -o libbam.so.1 $(LOBJS) -lc -lz
+		$(CC) -shared -Wl,-soname,libbam.so -o libbam.so.1 $(LOBJS) -lc ${LDFLAGS} -lz
 
 dylib:
 		@$(MAKE) cleanlocal; \
